O futebol está ligado à fundação da Unidos de Vila Isabel, pois existia no bairro, em 1945, um bloco conhecido como Vermelho e Branco. O afastamento de alguns componentes resultou na criação de um time de futebol com as cores azul e branco, posteriormente transformado em um novo bloco carnavalesco.
O primeiro enredo da Vila, De Escrava a Rainha, contou com apenas 100 componentes desfilando na Praça Onze: 27 ritmistas, 13 baianas e mais 50 pessoas.
Uma das figuras mais conhecidas da escola é, sem dúvida, Martinho da Vila. Sua entrada na agremiação aconteceu em 1965.
No grupo especial, a Vila Isabel conquistou apenas seu primeiro campeonato, em 1988,desfile do samba-enredo Kizomba, a festa da raça.
Após a vitória de 1988, a escola ainda conseguiu uma boa colocação com Direito é Direito, em 1989 (4º lugar), nesse ano, foi marcante a comissão de frente formada por mulheres grávidas.
Em 2004, com um enredo sobre a cidade de Paraty, a Vila retorna ao especial, sagrando-se campeã do Grupo de Acesso, superando as favoritas Santa Cruz e Acadêmicos da Rocinha. Em2005 tendo Joãosinho Trinta à frente, que vítima de um derrame cerebral não pode continuar os trabalhos a Vila trouxe um enredo sobre navios que lhe deu a 10ª colocação. No carnaval de 2010, a Vila falou sobre o centenário de Noel Rosa, com o enredo “Noel: a presença do poeta da Vila“, do carnavalesco Alex de Souza.
No Carnaval de 2011, a Vila fala sobre cabelo, desenvolvido pela carnavalesca Rosa Magalhães, alcançando apenas o quarto lugar. Nesse mesmo ano o presidente Wilsinho é reeleito para comandar a agremiação.
No Carnaval de 2012, Vila Isabel foi a última escola a desfilar no primeiro dia, com o sol bastante claro na Sapucaí levou o enredo “Você Sembo Lá… Que Eu Sambo Cá – O Canto Livre de Angola“, sobre Angola, num desfile que marcou a escola e fazendo ela ficar em terceiro lugar.
No Carnaval de 2013, a escola homenageou o agricultor com o enredo “A Vila canta o Brasil, celeiro do mundo – Água no feijão que chegou mais um”.
A Escola recebeu patrocínio de aproximadamente 10 milhões de reais da empresa alemã BASF, uma das maiores fabricantes de agrotóxicos do mundo.
A Vila Isabel era considerada por muitos, tanto público quanto especialistas, uma das favoritas, juntamente com a Beija-Flor de Nilópolis, Unidos ds Tijuca de Paulo Barros e Acadêmicos do Salgueiro.
Após ficar em 11º lugar no carnaval 2015, a Vila Isabel retomou sua trajetória rumo a um novo campeonato retornando ao desfile das Campeãs em 2016.
